Vārda orgāns pamatā ir grieķu vārds organon (‘rīks, instruments’). Latviešu valodā ar to parasti apzīmē dzīvnieka vai auga organisma daļu ar noteiktu uzbūvi un funkcijām. Dzīvniekiem pat ādu mēdz saukt par orgānu. Krievu (un, iespējams, arī vācu) valodas ietekmē nesenā pagātnē par orgānu sauca arī noteiktu funkcionālu sastāvdaļu mehānismos. Kā liecina Konversācijas vārdnīca, bioloģijas terminu orgāns tiesību sfērā latviešu valodā no vācu valodas ieviesa vācu tiesībnieks O. Gīrke 19. gs., lai apzīmētu atsevišķu personu vai personu grupu, kurai ir tiesības izteikt kādas cilvēku apvienības kā juridiskas personas gribu. Savukārt citi tiesībnieki piemēroja šos uzskatus arī valststiesībās, nosaucot par valsts kā juridiskas personas orgāniem tās iestādes un amatpersonas. Konversācijas vārdnīcā arī norādīts, ka aplūkotais uzskats atzīts par mākslīgu un tiesībnieki paturēja orgānu nosaukumu tikai «kā tehnisku terminu pārveidotā nozīmē (sal.: organizācija, organisma teorija)».
Padomju varas laikā vārds orgāns tika lietots dažu (īpaši partijas) iestāžu un to iekšējo vadošo institūciju, kā arī partijas preses izdevuma nozīmē. Tad ieviesās arī «valsts varas un pārvaldes orgāni». Patlaban latviešu valodā par «orgāniem» vairs nesauc ne augstākās valsts institūcijas, ne iestādes un organizācijas, ne plašsaziņas līdzekļus, pat ja tie pauž noteiktas partijas intereses. Organizatorisko veidojumu iekšējās vadošās institūcijas (direkcijas, valdes, domes, padomes u. tml.) arī nesauc par orgāniem.
Kopš 90. gadu sākuma Latvijas pārvaldībā, aizstājot iepriekš lietoto un ar antropoloģiju un bioloģiju nozīmes ziņā cieši saistīto terminu orgāns, kas turklāt savu prestižu bija zaudējis iepriekšējos gadu desmitos savienojumā «partijas orgāns», termina funkciju ieguva vārds institūcija.
Vārda institūcija pamatā ir latīņu vārds institūtiō (no instituere ‘dibināt; sakārtot; mācīt’) un ar to latviešu valodā apzīmē valstisku vai sabiedrisku veidojumu – iestādi vai organizāciju, kas veic noteiktus uzdevumus kādā sabiedriskās dzīves sfērā. Organizatorisko veidojumu struktūrā par institūcijām sauc iekšējās vadošās vienības – direkcijas, valdes, padomes u. tml. Par institūcijām sauc arī starpinstitucionālus un starpvalstiskus veidojumus ar attiecīgām institucionālām funkcijām.
Vēlmei Latvijas institucionālajā struktūrā atjaunot orgānu iekšējās vadošās institūcijas apzīmēšanai latviešu valodas terminu sistēmā nav rodams sistēmiski un zinātniski pieņemams pamatojums.
Argumenti pret vārda orgāns izmantošanu:
1) vārda orgāns nozīme (gan cilmes nozīme ‘rīks, instruments’, gan zooloģijā un bioloģijā definētā nozīme ‘organisma daļa ar noteiktām funkcijām’) ir tik plaša un izplūdusi, ka to var attiecināt uz jebkuru ārēju un iekšēju organizatorisku veidojumu un uz katru amatpersonu (un ne tikai), jo katram no tiem ir «noteiktas funkcijas» (piem., ja valsti uzskata par «ķermeni», tad «orgāni» ir arī Saeima, Ministru kabinets, ministrijas, pārvaldes u. d. c., arī deputāti un ierēdņi), līdz ar to zūd termina orgāns kā specifiska jēdziena apzīmējuma lietderīgums;
2) orgāna sakars ar organizāciju uzsver organizatoriska satura funkcijas, bet valsts institucionālo vai organizatorisko veidojumu (publisko institūciju) sistēmā uzsvars liekams uz vadības, pārvaldības funkcijām;
3) iestādes iekšējo institūciju nosaukšanai vārdam orgāns arī pietrūkst jēdzieniskās pamatotības, jo noteikto funkciju izpildē piedalās ne tikai direkcija, valde u. tml. institūcijas, bet viss iestādes personāls (tad iznāk, ka visi ir orgāni);
4) vārds orgāns latviešu valodā plaši pazīstams un lietojams kā bioloģijas termins, bet tas sabiedrības skatījumā nešķiet pieņemams iestādes vai tās struktūrvienības nosaukšanai;
5) vārda orgāns lietošana tiesību sfērā negatīvi vērtēta arī 20. gs. sākumā (sk. Konversācijas vārdnīcu), sabiedrībā pret to ir bijusi spēcīga psiholoģiska barjera 50. - 80. gados un tā turpinās vēl joprojām;
6) kaut arī vārds orgāns ir internacionālisms, institucionālā nozīmē tas raksturīgs galvenokārt krievu un vācu valodai, bet angļu valodā, kas ir plašāk izplatītā starptautiskā valoda, institucionālās nozīmes šim vārdam nav.
Secinājums: latviešu valodā vārda orgāns lietošanu institucionālā nozīmē nav ieteicams atjaunot. LZA Terminoloģijas komisija atbalsta 90. gados tā vietā jau ieteikto terminu institūcija, arī iestāžu iekšējo funkcionāli nozīmīgo veidojumu (direkcijas, valdes, padomes vai tml.) nosaukšanai.